萬馬河生態保護區在《云南省植被區劃》中，屬“季風熱帶北緣季節雨林，半常綠季雨林地帶，滇南、滇西南中山寬谷高榕、麻楝林亞區”。
地理座標北緯24°05′—24°33′54″東經98°26′40″—98°42′30″，為潞西市的東部山地，總面積690平方公里（225423畝），占潞西市土地總面積的23.1%，以保護熱帶山地森林生態系統和多種珍稀瀕危物種為主體，屬森林生態──生物資源保護，兼屬生態──生物科考旅游的綜合類型。萬馬河生態保護區在《云南省植被區劃》中，屬“季風熱帶北緣季節雨林，半常綠季雨林地帶，滇南、滇西南中山寬谷高榕、麻楝林亞區”。熱帶北緣雨林是保護區的地帶性植被類型，原生植被的植物群落高大茂密，植物種類豐富。經考察，區內的高等植物有2500多種，隸屬250多個科，珍稀瀕危植物，古老的和系統發育上重要的植物豐富而集中，列入1984年國務院公布的《國家重點保護野生植物名錄》和1999年國務院公布的《國家重點保護野生植物名錄》（第一批）的植物有27種，毛葉黑桫欏、桫欏、水蕨、蘇鐵蕨、云南蘇鐵、翠柏、南方紅豆杉、紅花木蓮、琴葉風吹楠、瑞麗山龍眼、假山龍眼、水青樹、盈江龍腦香、干果欖仁、滇桐、云南梧桐、頂果木、紅椿、林生芒果、云南七葉樹、云南蘭果樹、董棕、箭根薯、光葉天料木、錐頭麻、云南菠蘿蜜、毛葉紫樹。主要的經濟植物資源有：用材樹種、藥用植物、野生蔬菜植物、野生果品植物、野生花卉及觀賞植物，還有纖維植物、色素植物、油料植物、香料植物以及多種竹筍和菌類植物。經濟植物資源極為豐富。還有許多植物有待進一步研究鑒別。
保護區內有脊椎動物350種，其中：魚類76種，兩棲類14種，爬行類23種，鳥類205種，獸類32種，國家保護動物50種：一類9種，二類41種，有巨晰、蟒蛇、金雕、黑頸長尾雉、綠孔雀、蜂猴、熊猴、灰葉猴、豺、黑熊、水獺、豹、印支虎、水鹿、鬣羚等。萬馬河生態保護區是德宏州銅壁關自然保護區之后的第二大自然保護區，是潞西市野生植物資源、動物資源、水資源寶庫、具有極高的科考價值和保護價值。
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